研究所的两方协议，如果协议中有明确规定违约金，那么一般是需要支付违约金的。不过，具体情况还需要根据协议内容来判断。如果违约金过高，可以尝试与对方协商，看能否降低违约金金额。同时，也可以咨询律师，了解相关法律规定，以保护自己的权益。