党员档案和党组织关系可以分开存放。党员档案一般存放在户籍地的人才中心，党组织关系可以转到公司。但是，具体的存放方式和转移流程可能会因地区和公司的不同而有所差异，建议你向当地的党组织或人才中心咨询具体的要求和流程。