使用A表和B表各五万条数据做了几次测试，使用not in和not exist的性能差别不大，甚至not in 还好些。
not exists的语句如下： 
select * from a
where
not exists(
 select * from b
 where b.id = a.id
)
运行时间对比：
not in: 0.161s    0.160s    0.160s     0.161s     0.161s    0.187s    0.169s    0.175s    0.161s    0.171s
not ex:0.176s     0.176s     0.178s    0.201s    0.259s    0.184s    0.176s    0.190s    0.177s    0.176s
所以，个人感觉使用not exists不是解决方法